.eggs

######################
# Logs and databases #
######################
*\.log
.DS_Store

#############
# vim files #
#############
*\.swp
*~
\#*\#

################# 
# pycharm files #
#################
\.idea

##########################
# Python complied source #
##########################
*\.pyc
*\.pyo
build/
dist/
doc/_build/
MacSyFinder.egg-info/

###########################
# coverage files
##########################
htmlcov/
.coverage
!/.github/workflows/.coverage
coverage_html/

###################################
# MacsyFinder results directories #
###################################
test/datatest/DEF_svg/
macsypy/*_svg
macsyfinder-*/

####################
# MacSyFinder data #
####################
data/
sandbox/
!/tests/data
!/macsylib/data

######################################
# Singularity/Apptainer def and simg #
######################################
Singularity/

##############################
# MacsyFinder generated file #
##############################
MANIFEST
uninstall.cfg
uninstall_files
macsyfinder.egg-info/
*\.idx

#############
# nextflow  #
#############
.nextflow/
.nextflow.log*
work/

########
# ruff #
########
.ruff_cache/

#########
# stuff #
#########
.ipynb_checkpoints
benchmark/
Conda/
Sandbox/
perf/
score_analysis*
Notebooks/
fix_copyright.sh